El plan de estudios tiene como objetivos generales:

Formar investigadores en Estudios Mesoamericanos, quienes adquirirán conocimientos sobre paradigmas tanto tradicionales como recientes y una visión renovada y crítica de la investigación arqueológica, de los estudios decoloniales, lingüística, histórica y antropológica que será dinámica, actualizada y abierta a enfoques inter y multidisciplinarios. Para lograr esto, en el área de formación básica común de la maestría, los estudiantes:

a) Conocerán herramientas teórico-metodológicas y de corte epistemológico aplicables al análisis de todos los elementos culturales que conforman a los pueblos mesoamericanos.
b) Obtendrán conocimientos en las disciplinas que son el eje del posgrado, esto es, arqueología, etnografía, historia, lingüística, y los estudios decoloniales a partir de las cuales se forjarán una visión de la realidad mesoamericana con una amplia perspectiva multidisciplinaria y crítica.

Las materias ofertadas generarán o reforzarán una conciencia de la complejidad y profundidad histórico-cultural de la civilización mesoamericana, así como de la urgencia por visualizar y entender los fuertes cambios que han tenido lugar en el pasado y presente por parte de la población.

Los objetivos particulares de la maestría son la formación de investigadores, docentes y profesionistas comprometidos con el desarrollo humano, nacional y local capaces de realizar labores de producción, transmisión, organización y planeación en el campo del conocimiento, con especial dedicación al ámbito mesoamericano con referentes de ética profesional, de respeto a la multiculturalidad del país y a criterios de excelencia. Así, la MEM plantea que sus egresados:

1. Sean conocedores de la arqueología del Occidente y el Noroeste de México.
2. Sean conscientes de la necesidad de actuar para contribuir al mantenimiento y conocimiento de las lenguas originarias de Mesoamérica y de esta forma contribuir a su vitalidad.
3. Sean conscientes de la importancia de producir un discurso cuya meta sea la decolonización en la ideología que, en general, la mayoría de las personas lleva consigo.
4. Escriban textos históricos y etnográficos que profundicen en el conocimiento sobre los pueblos mesoamericanos mediante un enfoque multidisciplinar.
5. Sepan transmitir aprecio, respeto, e información apropiada a las personas, niños, adolescentes y adultos con quienes se relacionen.